L’objectif de cette étude consiste à interroger l’œuvre inachevée de Gustave Flaubert, Bouvard et Pécuchet, dans sa triple dimension, encyclopédique, critique et comique, afin de faire apparaître sa puissance d’interrogation philosophique. Dans la première partie, on s’interroge sur la manière dont Bouvard et Pécuchet abordent les savoirs, en analysant deux modalités de leur apprentissage : l’usage des signes et la classification. Comment classer les plantes, les animaux, les hommes ? C’est une question qui les inquiète tout au fil de leur périple. La question demeure même dans la Copie. La deuxième partie est consacrée à l’analyse de l’épisode du magnétisme du chapitre VIII du roman. Cet épisode doit sa structure générale à l’immense corpus du magnétisme (Mesmer, Puységur, etc.). Les théories et pratiques des deux magnétiseurs sont riches d’implications épistémologiques, dans la mesure où elles renvoient toutes à l’un ou l’autre des moments de l’histoire du magnétisme. Pour éclairer ces implications, il faut explorer le dossier « Mysticisme-Magnétisme ». L’objectif de cette partie est donc de restituer au roman son enjeu épistémologique. La troisième partie est destinée à analyser, d’abord, le scénario épistémologique qui articule étroitement deux épisodes du chapitre VIII, ensuite, explorer le dossier « Philosophie ». Dans la bibliothèque philosophique du roman se trouvent convoqués divers philosophes, Descartes, Cousin, Hegel, Spinoza, Montaigne. Comment le romancier a-t-il procédé à une fabulation narrative de questions métaphysiques comme les causes finales, le libre arbitre, le critérium de vérité ? Telle est l’interrogation centrale qui se pose dans cette partie.